Vannastavne aktivnosti u školama pomažu učenicima da prošire znanja iz oblasti nauke, kulture, umjetnosti, zabave, rekreacije i pripremaju učenika za društveno koristan rad i život općenito. One su poseban vid rada sa učenicima u kojem odgojni elemenat ima dominaciju nad obrazovnim. Učenici se kroz vannastavni rad osposobljavaju za bližu komunikaciju, interakciju i razvijaju kreativnost u širem smislu te riječi. Cilj sekcije jeste razviti interes, sklonost i stvaralačku sposobnost kod učenika.

U školskoj 2014/15. prema Godišnjem programu rada Elči Ibrahim-pašine medrese u Travniku egzistira 21 sekcija. Odlukom Uprave Škole od drugog polugodišta 2014/15. za koordinatora za vannastavne aktivnosti (sekcije) imenovan je Kemal Avdagić, predmetni profesor Engleskog jezika.

Slijedi popis sekcija i ime rukovodioca sekcije:

1. SEKCIJA HIFZA – prof. hfz. Fadil Bektaš

2. SEKCIJA TILAVETA – prof. Asim Hodžić

3. SEKCIJA ARAPSKOG JEZIKA – mr. Hamid Indžić

4. SEKCIJA ENGLESKOGA JEZIKA – prof. Kemal Avdagić

5. SEKCIJA TURSKOG JEZIKA – prof. Abdulaziz Rizvić

6. NOVINARSKA SEKCIJA – mr. Nermin Šušić

7. RADIJSKO-DRAMSKA SEKCIJA – prof. Đenana Bajraktarević

8. HISTORIJSKO-ETNOLOŠKA SEKCIJA – mr. Esma Abdibegović

9. HISTORIJSKA SEKCIJA – prof. Idriz Duranović

10. DEBATNA SEKCIJA – prof. Ermin Kesten

11. INFORMATIČKA SEKCIJA – prof. Muharem Musić

12. HORSKA SEKCIJA – prof. Lejla Bešo-Haskić

13. LIKOVNA SEKCIJA – prof. Merima Begović

14. KALIGRAFSKA SEKCIJA – prof. Omer Meštrovac

15. SEKCIJA PRIMIJENJENE PSIHOLOGIJE – prof. Dženita Ajanović-Muratović

16. SEKCIJA HUMANITARNOG RADA – prof. Ahmed Omerdić

17. KARATE SEKCIJA – prof. Asim Hodžić

18. SPORTSKA SEKCIJA – prof. Tarik Huseinbašić

19. SPORTSKA SEKCIJA – prof. Selma Haskić

20. KLUB LJUBITELJA KNJIGE – prof. Sinanudin Alibegović

21. MLADI FIZIČARI – prof. Erna Hajder

Sekcije rade u određenim terminima i konstanta su tokom cijele školske godine.